Научноизследователската дейност в Нов български университет се организира от преподавателските общности на департаментите и центровете. Сред основните приоритети на изследователската политика на НБУ са превръщането на университета в международен изследователски център и интегрирането му в множество международни университетски мрежи, развитието на проектната дейност, развитието на интердисциплинарните изследвания и интеграцията на изследванията и обучението.
Департаментите и изследователските центровете са отворени към външната среда. Тяхна отговорност е организирането на семинари, конференции и различни публични изяви, реализирането на научноизследователски проекти, осъществяването на връзка на обучението с практиката. Всеки от департаментите в НБУ има свой регулярен научен семинар, в който се представят и дискутират актуални теми от съответната научна област.
В НБУ е изградена система за оценка на дейността на департаментите и центровете, която се извършва по приета процедура и критерии за оценка. Целта на тази система за оценяване е да стимулира и активизира департаментите в развитието на техните научни и творчески изследвания. Всяка академична година се изготвя и приема класиране на департаментите според общия резултат от оценяваните критерии.
За учебно-практическата и научноексперименталната работа на студентите в НБУ към факултетите и департаментите са изградени лаборатории, ателиета и центрове, чиято дейност е свързана с предоставяне на услуги и консултации за вътрешни и външни потребители. Департаментите и учебно-практическите звена (УПИЗ) към тях работят по изследователски проекти, финансирани от международни или национални програми. Утвърдена практика е в изследователските екипи да бъдат привличани студенти и докторанти. Връзката на университета с практиката се осъществява чрез набор от услуги, които Нов български университет разработва и предлага.
Стратегическа цел на НБУ е утвърждаването на Университета в международното изследователско пространство чрез интегрирането му в европейски и световни изследователски мрежи, развитието на интердисциплинарни области на научното познание, както и чрез въвеждане на научните постижения в обучението и практиката.
Научните области, отговарящи на критерия за успешно и устойчиво развитие, по които НБУ работи през годините, са: археология, антропология, екология, изкуства, политически науки, българистика, икономика, информатика, телекомуникации.
Приоритет на НБУ е и развитието на области според критерия за уникалност на научното направление. Такива са египтологията, семиотиката и когнитивната наука.