През юли 1989 г. университетски преподаватели и изследователи основават Дружество за нов български университет. Неговата цел е да работи за реформиране на българското образование. На 18 септември 1991 г. Дружеството получава статут на университет от Великото народно събрание с името Нов български университет (ДВ, бр. 80/1991).
Първият период в развитието на НБУ (1991–1993 г.) е свързан със създаването на институционалната рамка на Университета и с идентифицирането му в публичното пространство. На 17 октомври 1991 г. Общото събрание на Дружеството избира измежду своите членове Временното настоятелство на НБУ.
Председател и временно изпълняващ длъжността Ректор е проф. Богдан Богданов. Временното настоятелство разработва общите насоки за развитие на Университета и определя неговата програма за действие; създава университетските структури, приема техните състави и вътрешни правила.
През 1991–1992 г. се създават две основни звена с функции на факултети: Свободният факултет и Кореспондентският факултет (Радиоуниверситет). В тях се предлагат курсове и квалификационни програми с редовна или дистанционна форма на обучение. Към Свободния факултет се формират и департаментите – научноизследователските структури на Университета.
В този период учебните програми имат експериментален характер и са с професионална насоченост, но още тогава се въвежда и кредитната система, която насърчава студентската мобилност и поставя началото на вписването на НБУ в националната, а по-късно и в международната академична общност.
Курсовете се отличават с неограничена свобода при избора на теми и привличането на лектори, на съдържанието и формите на преподаване, на начините за привличане на студенти. Принципът на сформиране на учебните програми – екипи, обединени от предприемчиви личности – поставя началото на самоуправлението в университетските структури.
През втория период в развитието на НБУ (1993–1998 г.) се сформира неговото редовно Настоятелство (1994 г.). В него има широко обществено представителство на местната власт, бизнеса, неправителствените организации. Приема се Правилникът за устройството и дейността на НБУ (14 март 1994 г.), в който подробно е разработена структурата на Университета и са дефинирани формите на управление и самоуправление. През същата година се създава Академичният съвет, който заедно с Настоятелството става другият основен орган за управление на Нов български университет. През 1995 г. се разделят функциите на Председател на Настоятелството и Ректор и се поставя началото на разделението на стратегическо-финансовата от академичната власт в НБУ. Председател на Настоятелството на НБУ е проф. Богдан Богданов, а за Ректор на НБУ е избрана проф. Иванка Апостолова.
През 1993 г. се създават Редовният факултет и Аспирантският факултет и широк спектър от учебни програми. Тогава за първи път в български университет се въвеждат образователните степени бакалавър, магистър и доктор. Поставя се и началото на департаментите с основни функции изследване и управление на програмите. Департаментите обединяват преподаватели от една научна общност. В този период се създават и локалните центрове във Варна, Пловдив, Велико Търново, а по-късно и тези във Видин и Враца.
В средата на периода 1993–1998 г. управлението на Университета се насочва към планирано развитие. През 1997 г. НБУ прави своя първи план за развитие, като го нарича „Документ за самооценка и институционално развитие“. Изработването му става с международна помощ в поредица от семинари, сесии на работни групи и общоуниверситетски конференции.
След 1998 г. НБУ започва да осъществява своята мисия, като я превръща в структура и образователна политика. През академичната 1999/2000 г. се оформят 16 базови програми, служещи като вход към бакалавърските, с които НБУ започва осъществяването на идеята си за либерално образование. Обучението от типа Artes Liberales се обсъжда в конференциите „Общоуниверситетско образование – цели и необходимост“ и „Програми и програмна политика в НБУ“, както и с представители на Залцбургския семинар.
На 5 юли 2001 г. НБУ получава институционална акредитация за максималния 6-годишен период. През 2006 г. НБУ получава втора институционална акредитация за максимален период. В края на 2012 г. за трети пореден път Нов български университет получава институционална акредитация за максималния период от 6 години.
През академичната 2001/2002 г. започва обучението в базовата програма Artes Liberales, съставена от избираеми курсове, които покриват основните области на знанието. Засилва се тенденцията към разширяване на общото образование и в другите базови програми. В Бакалавърския факултет се внедрява обучение в съпътстваща програма (minor), което се провежда успоредно на основната програма (major). Програмите в Магистърския факултет се реорганизират с цел постигане на тясна специализация. Във факултетите започва процес на разработване и внедряване на по-голям брой дистанционализирани курсове, които да се предлагат успоредно с редовната форма. През септември 2001 г. Райна Кабаиванска прави в Нов български университет първия си майсторски клас в България.
През 2002 г. за ректор на НБУ е избран доц. д-р Сергей Игнатов.
През учебната 2003/2004 г. Университетът прави нова програмна реформа в посока на либерализиране на образованието, като включва базовите програми в бакалавърската степен и създава 24 бакалавърски програми.
През 2010 г. програмната реформа се задълбочава: в първите две години на бакалавърските програми се въвежда степен на общо образование, като същевременно се създават нови и броят им достига 54.
През ноември 2009 г. проф. Сергей Игнатов, д.н. става министър на образованието, младежта и науката, а проф. д-р Людмил Георгиев – ректор на НБУ.
През март 2012 г. за ректор на Нов български университет е избран доц. д-р Пламен Бочков.
През юли 2020 г. встъпва в длъжност проф. Пламен Дойнов, д.н.
В периода 2009–2014 г. програмите на Нов български университет се реформират в посока свързване с реалната работна среда, като в бакалавърските и магистърските програми се засилват практическото обучение и стажът. На студентите се дава възможността да се обучават безплатно в майнър (minor) програма – втора специалност, която им позволява да получат интердисциплинарно образование и още една професионална квалификация. Всички програми на НБУ са насочени към развитието на личността на студентите, тяхната цел е да формират предприемчиви, социално отговорни личности, подготвени за живот в условията на съвременния свят.
През годините личности със световна известност стават почетни доктори (линк) и почетни професори (линк) на НБУ. Сред тях са Ричард Рорти, Вера Мутафчиева, Юлия Кръстева, Жан-Пиер Вернан, Милчо Левиев, Робърт Йънг, Райна Кабаиванска, лорд Ралф Дарендорф, Тери Игълтън, Герард Хофстеде, маестро Енио Мориконе и др.
Нов български университет управлява своята дейност чрез система от планове – петгодишни стратегически планове, двугодишни планове за развитие и семестриални планове за действие.
