Администрацията на Настоятелството подпомага дейността на Председателя на Настоятелството и Настоятелството, което определя развитието на Нов български университет. Администрацията на Настоятелството се управлява от Изпълнителния директор на Университета и е на пряко подчинение на Председателя на Настоятелството.
Сред големите проекти на администрацията на Настоятелството са: поддържането на материалната среда в Университета съобразно модерните европейски стандарти; подготовката на Годишен доклад на НБУ, осигуряващ прозрачност на университетските дейности; финансовата система и Централният фонд за стратегическо развитие. Сред другите значими проекти са управлението на фонд „Райна Кабаиванска“, осигуряващ национални и международни стипендии за обучение по оперно пеене; управлението на фонд „Димитър Паница“, който връчва ежегодно Награда за гражданска доблест; съхраняването и популяризирането на значими дарения и архивни материали, сред които тези на проф. Васил Стоилов, проф. Петър Мутафчиев, проф. Иван Саръилиев; изграждането на Интегрираната информационна система, която осигурява бърз достъп до информацията за кандидат-студенти, студенти, alumni, преподаватели, администрация.